山东大学环境研究院组建于2003年11月，是学校直属的科研与研究生培养的独立单位，由中国工程院王文兴院士创建。环境研究院设有大气环境化学、环境理论化学与实验、环境生态学三个研究所，新建生态环境大数据院士工作站（全职聘请王桥院士为首席科学家）。拥有环境科学与工程一级学科学术型博士和硕士学位授权点、资源与环境专业型博士和硕士学位授权点、博士后流动站。
目前，环境科学与工程一级学科是山东大学“化学与物质科学”双一流学科群的重要组成部分，入选山东省高水平学科“高峰学科计划”重点建设学科，在2021年软科中国最好学科排名中位列前10%（第15名）；环境/生态学科2015年进入全球ESI前1%，目前位列前3‰。
环境研究院拥有一支爱岗敬业、在国内外学术界有一定影响的师资队伍，拥有教授/研究员20人、副教授/副研究员12人，助理研究员6人；有博士生导师22人、硕士生导师31人。其中中国工程院院士2人、海外高层次人才1人、泰山学者特聘教授1人、国务院政府特殊津贴专家1人、国家优青1人、国家海外优青1人、海外高层次青年人才1人、泰山学者青年专家3人、省杰出青年基金获得者3人、教育部新世纪优秀人才2人、山大杰青4人、齐鲁青年学者4人。
大气环境化学研究所主要开展PM2.5理化特性、来源解析及气候效应、霾污染特征与成因、大气氧化性与光化学污染机理、大气酸沉降等科学研究。建有环境化学实验室与大气环境超级观测站。拥有50余套先进的大气污染物测量、分析仪器和样品采集设备，其中包括固定翼无人机、大气污染移动观测站等，可实时测量大气中各种污染气体，颗粒物粒径分布、化学组成与光学特性等，能满足实验室和现场大气污染观测的研究需要。
环境理论化学与实验研究所将量子化学计算、分子模拟与实验相结合，研究有机污染的形成与降解（化学降解与酶催化降解）机理、二次气溶胶成核机制及气溶胶表面的复相反应等。拥有由高性能SGI工作站，浪潮刀片式服务器、20余台Dell服务器以及由150余台PC机组成的并行计算局域网，现有Gaussian、Discovery Studio、Materials Studio、Siesta、Charmm、Chemshell、Turbomole、Polyrate及Mesmer等程序。拥有光化学烟雾箱系统、流动管反应系统和低温机理隔离系统，及质子转移-飞行时间质谱仪、粒径谱仪、傅里叶变换红外光谱仪、气相色谱-质谱联用、液相色谱质谱联用等大型设备，可满足化学基元过程实验和理论计算需要。
环境生态学研究所主要从事土壤重金属污染、人工湿地污染物去除及微生物作用、湿地功能与生态修复、生物入侵及生态影响、生物多样性等研究。实验室设备有连续流动分析仪、原子吸收光谱仪、原子荧光光度计、全自动消解仪、真空冷冻干燥机、土壤研磨仪，高速冷冻离心机、超声细胞破碎仪、酶标仪、采泥器等。能满足土壤生态学、植物生态学、湿地生态学、环境生态学的研究需要。
生态环境大数据院士工作站，依托人工智能、环境遥感、环境信息等现代技术，致力于生态环境大数据分析与挖掘关键技术研发，基于高度智能化的生态环境时空大数据平台，开展生态环境感知与溯源、问题/异常自动发现与诊断、生态环境质量时空变化趋势分析、生态系统综合评估、生态环境污染过程及影响模拟、生态环境风险预测预警、生态环境保护成效分析等应用研究工作，为山东省乃至全国各级政府和生态环境保护部门提供环保业务服务。
环境研究院十多年来先后承担和完成国家及省部级科研项目170余项，包括国家自然科学基金重点项目、重大研究计划重点支持项目、优青、海外优青、面上及青年基金项目、国家重点研发计划项目课题、973计划子课题、国家重大水专项、863计划子课题、教育部新世纪优秀人才支持计划、环保部公益性行业科研专项子课题、中国工程院咨询项目、山东省自然科学杰出青年基金项目、山东省科技发展计划项目（攻关）、山东省自然科学基金项目等，纵向科研经费总额超过1亿元；在Chemical Reviews、Science Advances、Water Research、Environmental Science & Technology、Atmospheric Chemistry and Physics、Chemical Engineering Journal、Journal of Hazardous Materials、Journal of Cleaner Production、Journal of Geophysical Research、Atmospheric Environment、Ecological Engineering等国际与国内期刊上发表学术论文840余篇，其中SCI论文近800篇。
环境研究院十分重视与国内外其他高校及科研单位之间的交流与合作，先后派出20多名青年教师与博士生到哈佛大学、加州理工学院、德州农工大学、北卡莱罗纳大学、北卡莱罗纳州立大学、中佛罗里达大学、柏林工业大学、法国国家科学研究中心、法国奥尔良大学、法国里尔大学、香港理工大学等国际知名学府或科研机构进行学习、交流与访问；同中国环境科学研究院、中科院生态环境研究中心、香港理工大学、北京大学、清华大学、南京大学、复旦大学、美国科罗拉多州立大学、法国国家科学研究中心等单位建立了良好的科研合作关系。
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